Maria Theresia und Franz-Stephan haben 16 Kinder. Sechs davon sterben noch zu Lebzeiten der Mutter:
- Maria Elisabeth (1737–1740)
- Maria Anna (1738–1789), lebte später in Klagenfurt
- Maria Karolina (1740-1741)
- Joseph II. (1741–1790)
∞ 1760 Prinzessin Isabella von Bourbon-Parma, Tochter Herzog Philipps von Parma, Piacenza, Guastella
∞ 1765 Prinzessin Maria Josepha von Bayern, Tochter Kaiser Karls VII.
- Maria Christina (1742–1798) ∞ 1766 Herzog Albert Kasimir von Sachsen-Teschen
- Maria Elisabeth (1743–1808), Äbtissin in Innsbruck
- Karl Joseph (1745–1761), Erzherzog
- Maria Amalia (1746–1804) ∞ 1769 Herzog Ferdinand von Parma, Sohn Herzog Philipps von Parma, Piacenza, Guastella
- Leopold II. (1747–1792) ∞ 1765 Infantin Maria Ludovica von Spanien a.d. Haus Bourbon-Anjou, Tochter König Karls III.
- Maria Karolina (1748–1748) Erzherzogin
- Johanna Gabriela (1750–1762) (verlobt) König Ferdinand I. von Bourbon-Sizilien
- Maria Josepha (1751–1767) (verlobt) König Ferdinand I. von Bourbon-Sizilien
- Maria Karolina (1752–1814) ∞ 1768 König Ferdinand I. von Bourbon-Sizilien, Sohn König Karls III. von Spanien
- Ferdinand Karl Anton (1754–1806) ∞ 1771 Herzogin Maria Beatrice d’Este, Tochter Herzog Herkules’ III. von Modena-d’Este
- Marie Antoinette (Maria Antonia) (1755–1793) ∞ 1770 Ludwig (1754–1793), Dauphin, seit 1773 als Ludwig XVI. König von Frankreich, Sohn des Dauphin Ludwig von Bourbon
- Maximilian Franz (1756–1801), Erzbischof, Kurfürst von Köln
